В экологическом плане Ельцовка наиболее благополучная из малых рек. Этому способствует то, что территория её бассейна водосбора имеет обширные лесопарковые зоны и не подвергается активному техногенному воздействию.
Река Ельцовка пересекает городскую черту на востоке Советского района, в полутора километрах от Новосибирского Высшего командного училища, расположенного по ул. Иванова. Протекая по территории поселка Нижняя Ельцовка, река впадает в один из нескольких притоков Оби.