Монастырским собором храм стал во имя благоверного князя Александра Невского, построенный в Колывани в 1882—1887 на деньги купца 2-й гильдии Кирилла Кривцова в память убиенного 1 марта 1881 года Александра II, освящен 4 декабря 1887 года.
Церковь была закрыта в 1934 году, затем вновь открыта в 1946 году и окончательно закрыта в 1962 году. В 1968 году церковь начали разрушать: снесли купола и звонницу храма. Позднее было утрачено внутреннее убранство, включая полы и лестницы. В разрушенном состоянии храм находился 20 лет. В 1990 году церковь была возвращена Русской православной церкви и было начато её восстановление.
Монастырь был создан трудами и заботами епископа Новосибирского и Барнаульского Тихона (Емельянова), который, прибыв на Новосибирскую кафедру в 1990 году, проявил заботу об устройстве монастыря для монашествующих при Вознесенском кафедральном соборе. После долгих поисков выбор пал на Колывань, бывший купеческий город, игравший в XIX веке значительную роль в Сибири.
Патриарх Московский и Всея Руси Алексий II 16 мая 1991 года посетил Колывань и освятил камень, заложенный в фундамент, как первоначально предполагалось, мужского монастыря. Здесь должны были разместиться иконописные мастерские и свечной завод.
Решением Священного Синода от 19 июля 1992 года монастырь был открыт. 11 августа 1992 года настоятельницей монастыря была назначена игуменья Надежда (Ерёмина).
В 1993—2000 годы монастырь активно развивался: были построены трапезная, швейная мастерская, монастырская ограда, хозяйственный двор. При монастыре устроено приусадебное и животноводческое хозяйство, имеются пахотные земли. Под келейный корпус было переоборудовано возвращённое монастырю здание XIX века в котором располагалась церковно-приходская школа. При монастырском храме действует воскресная школа (обучаются дети прихожан и сироты из колыванского интерната).
В 2004 году в монастыре была построена водосвятная часовня в честь царственных страстотерпцев, Новомучеников и исповедников Российских.
В 2005 году в монастыре было 25 сестёр вместе с послушницами.
На территории церкви находится братская могила 22 сторонников советской власти, ставших жертвами крестьянского восстания 6 июля 1920 года.