Барсуковская пещера является самой крупной на данный момент зимовкой летучих мышей в Новосибирской области. Все эти летучие мыши, обитающие в Новосибирской области, занесены в областную Красную книгу.
На поле перед пещерой в многочисленных норах живут сурки.
Часто пещера служит местом проведения соревнований по подземной топографии и ориентированию.
Барсуковская пещера имеет карстовое происхождение, спелеологи относят её к корридорно-лабиринтовому типу. Общая протяженность - 195 метров, глубина - 19 метров. Внутри подземной полости - 50-метровый лабиринт глубиной около 20 метров.
Дно пещеры плотное, суглинистое. Кое-где есть небольшие каменные осыпи.
Внутри довольно стабильный микроклимат. В течение всей зимы влажность составляет около 95%, а температура держится около +6°C.
Вход в пещеру расположен на склоне небольшой возвышенности, на высоте 20 метров над урезом речки и представляет собой овальное отверстие 1.2 х 1.0 м, круто уходящее вниз, двигаться по которому можно исключительно ползком. В пещере имеется множество лазеек, ниш и трещин, недоступных человеку. В этих укромных местах и находятся основные скопления зимующих летучих мышей. Летом пещера необитаема, либо служит убежищем одиночным зверькам. Заселение ее летучими мышами начинается с конца августа - начала сентября.